Nació en La Serena el 4 de agosto de 1871. Estudió en la Escuela Pública de La Serena y en 1887, se trasladó a Santiago a estudiar Medicina, pero terminó en la carrera de Derecho, titulándose en 1902.Cuando aún cursaba leyes ingresó al Instituto Pedagógico (1889), titulándose como profesor de Historia, Geografía y Filosofía (1892)."En el Pedagógico aprendí a salir del marasmo en que me mantenían envuelto vicios contraídos en el liceo. Aprendí a trabajar, a estudiar y comencé a sentir el seguro resorte de una disciplina interior. Arraigó en mí la idea de que Chile necesitaba más profesores que abogados y educar se me presentó como una misión social. Fue la iniciación en la búsqueda de un sentido pleno de vida"
El 14 de marzo de 1902 se recibió de abogado, profesión que nunca ejerció. Comenzó su carrera como docente en el Liceo de Chillán (hasta 1903). Luego se trasladó al Liceo de Concepción (actual Liceo Enrique Molina Garmendia) y permaneció allí impartiendo clases hasta 1905. Ese mismo año ocupó el cargo de rector del Liceo de Hombres de Talca hasta 1915.
Durante la dirección del Liceo de Talca, Molina publicó sus primeros trabajos: La Misión del Profesor y la Enseñanza (1907); La Filosofía Social de Lester Ward, La Ciencia y el Tradicionalismo (1909), y El Pragmatismo de William James.
Por su desempeño, en 1911, el gobierno lo envió a perfeccionarse en pedagogía y administración de universidades a Alemania y Francia, y posteriormente en 1918 a Estados Unidos.
Luego, en 1916 se hizo cargo de la rectoría del Liceo de Concepción y desde ese puesto promovió la idea de fundar un centro de educación superior en esta ciudad. Esto lo llevó a presentar un proyecto al presidente Juan Luis Sanfuentes. Sin embargo, no tuvo éxito inmediato en eso y se abocó a reunir fondos para la nueva universidad.
Molina inició entonces una campaña para obtener fondos para la nueva universidad, creándose en 1917 un Comité Ejecutivo encargado de iniciar los trabajos pro Universidad y Hospital Clínico. La creación de la Universidad de Concepción significó un enorme adelanto tanto para la región como para todos los habitantes del sur del país. Posteriormente el Comité acordó nombrar una Mesa Directiva en la cual Enrique Molina seria presidente.
En 1918 fue enviado por el gobierno a Estados Unidos para conocer los sistemas universitarios de ese país, visitando Universidades como California, Leland Standford, Yale, Princeton, Harvard entre otras. Es así como en 1919 la Universidad de Concepción nacería bajo la fuerte influencia del espíritu y método de las universidades americanas que Molina visitó.
Desde 1919 a 1956 ocupo el cargo de rector. Entre 1947 y 1948, se desempeñó como Ministro de Educación de Gabriel González Videla. En 1948 fue el primer presidente de la Sociedad Chilena de Filosofia. En 1956 se le otorgó el título de rector honorario vitalicio de la Universidad de Concepción y el de profesor honoris causa de la Universidad de Chile.
Durante su cargo como rector debió enfrentarse a limitaciones económicas de un presupuesto ineficiente y a la crítica de su filosofía tildada de individualista y atea. Para Molina el lema del Estado docente no pasaba de ser "un verbal saludo a la bandera", ya que el gobierno no entregaba fondos suficientes a la educación. Eso movió al maestro a realizar una acción benéfica de orden persona, solucionando -dentro de sus capacidades- los problemas no solo económicos de los profesores, sino también familiares.
En su extensa carrera docente, Enrique Molina produjo un sinnúmero de artículos, libros y estudios, centrados en temáticas filosóficas, pedagógicas y sociológicas, así como también en el resultado de sus observaciones en los viajes. Entre ellos están Educación Contemporánea, Por las Dos Américas, De California a Harvard y Peregrinaje de un Universitario.
Su obra filosófica -que lo convertiría en el más prestigiado filósofo americano de su tiempo- comprende textos como Filosofía Americana, Las Democracias Americanas y sus Deberes, Proyecciones de la Intuición, y Nietzsche Dionisíaco y Asceta.
Enrique Molina Garmendia falleció el 6 de marzo de 1964.
“La misión que compromete al educador, consiste en la formación del alma de los individuos que se le han encomendado, misión que debe realizar con la mira puesta en el ideal de una sociedad mejor”
Enrique Molina Garmendia
